Der Begriff Ökosystem lässt sich aus den zwei altgriechischen Wörtern oikos (das Haus) und systema (das Verbundene) herleiten. Allen Ökosystemen ist gemein, dass sie mindestens zwei Arten und das betreffende Areal umfassen. Die Lebewesen nennt man dabei Biozönose, die abiotische Umgebung heißt Biotop.

Die Größe eines Ökosystems ist nicht festgelegt und richtet sich indivduell nach der Fragestellung und dem Untersuchungsgegenstand.

Die Größe eines Ökosystems ist nicht festgelegt und richtet sich individuell nach der Fragestellung und dem Untersuchungsgegenstand.

Der Umfang eines Systems ist dabei nicht definiert. Er kann zwei Bakterien in einer Petrischale oder auch die gesamte Welt umfassen. Es sind dabei rein praktische Erwägungen, die dafür sorgen, dass beispielsweise das Ökosystem See festgelegt wird. Letztlich werden die Grenzen des Systems willkürlich gezogen und durch den Untersuchungsgegenstand bestimmt.

Die Ökosystemforschung untersucht dabei einerseits die Beziehungen und Abhängigkeiten der im System lebenden Arten. Andererseits sind auch die abiotische Faktoren und deren Auswirkungen auf die Lebewesen Gegenstand der Untersuchungen.
Ökosysteme haben drei Eigenschaften:
1. Sie sind offen. Die enthaltenen Lebewesen können sich nur durch beständige Energiezufuhr erhalten.
2. Sie sind dynamisch. Ein offenes System bedingt, dass es immer wieder zu Veränderungen kommt, an die sich das System oder die darin enthaltenen Arten anpassen müssen. Jede Veränderung im System wirkt dabei auf die anderen Lebewesen zurück. Im Laufe der Zeit kann es trotz aller Störungen zu vorübergehend stabilen Ökosystemen kommen. Ebenso sind zyklische Wiederholungen möglich. Häufig kommt es jedoch zu irreversiblen Veränderungen (Sukzession), bei denen sich die Artenzusammensetzung verändert.
3. Sie sind komplex. Die Beziehungen zwischen den biotischen und abiotischen Faktoren sind sehr vielfältig und steigen mit der Zahl der beteiligten Arten stark an. Wissenschaftliche Untersuchungen müssen daher immer ein vereinfachtes Ökosystem betrachten, in dem nur eine Auswahl der Faktoren in das Modell einfließt.
Ein weit verbreitetes Modell teilt ein Ökosystem in Produzenten, Konsumenten und Destruenten ein. Die Produzenten sind die Arten, die mit Hilfe der zugeführten Energie komplexe Moleküle aufbauen können (Pflanzen mit Fotosynthese). Die Konsumenten nehmen diese komplexen Moleküle auf und verarbeiten sie (Tiere). Die Destruenten bauen abgestorbenes Material ab und führen es wieder den Stoffkreisläufen zu (Bakterien).

Während im wissenschaftlichen Sprachgebrauch der Begriff des Ökosystems neutral verwendet wird, scheint er in der Politik und im Umweltschutz häufig positiv besetzt zu sein. Ganz so als sei ein Ökosystem an sich schon schützenswert.